Trong chuyến tuần du El Hiba ở phía bắc Thebes, Masaharta trở bệnh nặng. Người em trai đi cùng ông là Menkheperre, có lẽ là người đã nhờ một tư tế của vị thần địa phương cầu xin cho Masaharta vượt qua cơn bạo bệnh[6], nhưng rồi Masaharta cũng qua đời ngay tại đó[7]. Pinedjem I, cha của cả hai, được cho là cũng mất sau đó không lâu[7].

Sau khi Pinedjem I và Masaharta đều qua đời, tại Thebes xảy ra một cuộc bạo loạn[8]. Do Masaharta không có con nối dõi nên một người con trai của Pinedjem là Djedkhonsuefankh đã lên kế ngôi, nhưng chỉ trong vòng 1 năm thì bị sát hại. Menkheperre, người bị nghi là đã giết Djedkhonsuefankh, đã đăng cơ kế nghiệp làm lãnh chúa Thebes[8].

Xác ướp của Masaharta được phát hiện trong hầm mộ DB320 cùng với một số thành viên trong vương thất, hiện được lưu giữ tại Bảo tàng Xác ướp ở Luxor[9].